המִנהלת פועלת באמצעות הכלים הבאים:

• צוות היגוי ארצי, הכולל את המשרד לאיכות הסביבה, קק"ל, נציבות המים ומשרד התיירות.
• צוות היגוי לתכנון, בהשתתפות אנשי מקצוע מתחומי תכנון הרלבנטיים לשיקום נחלים.
• מִנהלות מקומיות, הפועלות בראשות הרשויות המקומיות שבתחומן עובר הנחל. עד כה הוקמו 12 מִנהלות מקומיות, בנוסף לרשויות נחלי ירקון וקישון.
   

• הופחתו כמויות המזהמים בנחלים הראשיים, בשיעור של 50%-60%, ובכללם הקישון, השורק ואלכסנדר. שיפור זה הושג בעקבות מאמצי אכיפה מתמידים של המשרד לאיכות הסביבה, וכתוצאה מהשקעות גדולות בתשתיות של הרשויות המקומיות ומפעלי התעשיה, בסיוע משרד התשתיות.
• הוכנו תוכניות אב לשיקום כל הנחלים העיקריים בארץ.
• הוקמו 12 מִנהלות מקומיות לשיקום נחלים ושתי רשויות נחל, שהושקעו בהן עד היום כ- 150 מיליון שקלים. ההשקעה נועדה עבור פרויקטים לפיתוח סביבות הנחלים.
• קברניטי משק המים הכירו בלגיטימיות ובנחיצות הדרישה להקצאת מים לשיקום נחלים, בכמויות ובאיכויות הדרושות.

מִנהלות נחלים- רשימת כתובות- רשויות הניקוז בישראל, אוגוסט 2008 88K

מיתווה להקמת מינהלה לשיקום נחל, אפריל 2009 8222K

מִנהלות הנחלים - הרכב ופעילות, ינואר 2010 7711K